En 1995, Ginóbili se trasladó desde Bahía Blanca a la ciudad de La Rioja para jugar en el Club Andino. Allí debutó en la Liga Nacional de Básquet, el 29 de septiembre de ese mismo año, frente a Peñarol de Mar del Plata. Esa temporada fue nombrado el mejor debutante de la Liga Nacional.
Promedió los siguientes números:
Temporada | Partidos | Minutos | Puntos | Asistencias | Rebotes | Robos | Tapones |
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1995/1996 | 26 | 10 | 5.2 | 0.4 | 0.6 | 0.4 | 0.1 |
En 1996, Manu volvió a su ciudad natal para jugar en el Club Estudiantes. En 1997 fue seleccionado MVP del Juego de las Promesas Mar del Plata y en esta misma temporada recibió el premio al mayor progreso de la LNB.
Promedió los siguientes números:
Temporada | Partidos | Minutos | Puntos | Asistencias | Rebotes | Robos | Tapones |
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1996/1997 | 51 | 26.5 | 16.4 | 1.2 | 2 | 1.7 | 0.2 |
1997/1998 | 49 | 34 | 24.9 | 2.3 | 4 | 2.3 | 0.4 |